7個(gè)月后，這一爭(zhēng)論還沒有平息。一些學(xué)術(shù)期刊和無數(shù)的博客針對(duì)這個(gè)話題發(fā)表觀點(diǎn)。在4月8號(hào)，Ceurrent Biology雜志發(fā)表了關(guān)于該話題的第二篇文章，這一現(xiàn)象讓人不得不感到好奇，為什么“功能”這個(gè)簡(jiǎn)單的詞語能引起如此大的分歧呢?
Encode項(xiàng)目是由美國(guó)NIH的國(guó)家人類基因組研究所（National Human Genome Research Institute）贊助，目的是對(duì)在人類基因組項(xiàng)目中產(chǎn)生的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析處理。不同的基因編碼了各種特定蛋白質(zhì)，完成了細(xì)胞中的大部分功能，但這僅僅是少部分的基因，對(duì)于基因組中大部分序列的作用，科學(xué)家們并不知道。
因此，Encode項(xiàng)目幾乎分析了基因組中所有部分——尤其是其中不編碼蛋白質(zhì)的98%，希望能夠找到有關(guān)它們?cè)谌梭w中作用的相關(guān)線索。這些工作非常重要，因?yàn)榭茖W(xué)家們確信這98%中有些部分作為調(diào)節(jié)元件，指導(dǎo)了蛋白質(zhì)何時(shí)何地，以多大量合成。這一工作對(duì)于了解正常細(xì)胞行為非常關(guān)鍵，然而科學(xué)家目前也僅僅了解少數(shù)個(gè)例。他們不知道是否存在比目前已知數(shù)量更多的調(diào)節(jié)元件，也不知道如果確實(shí)如此的話，它們又是如何發(fā)揮作用的。這些調(diào)節(jié)區(qū)域可能有助于解釋某些與遺傳相關(guān)，但是又與特定編碼基因無直接關(guān)聯(lián)的疾病的基礎(chǔ)。
在2012年9月，Encode項(xiàng)目的主要研究階段正式結(jié)束。研究者們發(fā)表了幾十篇同行評(píng)審的文章，其中發(fā)表在Nature雜志上的論文稱，人類基因組中80%的序列是具有功能的。同時(shí)研究者們還公開了數(shù)據(jù)庫(kù)，這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)大部分非編碼序列進(jìn)行了注釋。注釋方式基本上就是這樣：“這部分序列與一種蛋白質(zhì)結(jié)合”，“這部分序列常被甲基基團(tuán)標(biāo)記”，“這部分序列通常隱藏在組蛋白的包圍中”。
而對(duì)于Encode項(xiàng)目的批評(píng)大部分并不是針對(duì)其所構(gòu)建的數(shù)據(jù)庫(kù)。牛津大學(xué)的遺傳學(xué)研究專家Chris Ponting說道，“Encode項(xiàng)目為科學(xué)界提供了大量有用的數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)正在用于的研究中。”但Chris Ponting并不贊同Encode項(xiàng)目有關(guān)功能性DNA的結(jié)論。實(shí)際上，主要的批評(píng)針對(duì)的是項(xiàng)目研究者在結(jié)論上的“大躍進(jìn)”，尤其是他們公開發(fā)表稱人類基因組中大部分序列是人類生命所必需的。批評(píng)意見認(rèn)為，Encode項(xiàng)目的工作并不能支持這樣的結(jié)論，向公眾傳達(dá)了不準(zhǔn)確的有關(guān)遺傳與進(jìn)化的觀念。
產(chǎn)生這些分歧的關(guān)鍵在于，Encode在DNA中發(fā)現(xiàn)了具有化學(xué)活性的部分，并稱其具有“功能”。但是，并非所有的這類活性都是人類生命所必需的。例如，Encode的科學(xué)家尋找與蛋白質(zhì)結(jié)合的DNA區(qū)域，因?yàn)檫@類結(jié)合對(duì)于打開、閱讀以及標(biāo)記DNA是必須的。但是有的DNA序列也可以結(jié)合蛋白質(zhì)，但是卻與人類健康無關(guān)。在漫長(zhǎng)的進(jìn)化過程中，人類的基因組中吸納了許多來自病毒的DNA。那些不會(huì)危害或者協(xié)助宿主的DNA序列可能仍然包含有可與蛋白質(zhì)結(jié)合的區(qū)域，或者發(fā)揮某些功能，但是并不影響細(xì)胞正常功能。
Encode項(xiàng)目不可避免地將一些可能對(duì)人體并無重要作用的區(qū)域當(dāng)作活躍的功能區(qū)域。不過，Stamatoyannopoulos博士和其他的生物學(xué)家認(rèn)為，Encode項(xiàng)目的80%的結(jié)論帶來了有關(guān)人類基因組的新視角。他說，人類基因組中如此高比例具有生物化學(xué)活性的事實(shí)說明，人類基因組中受到調(diào)控的序列比以前了解到的要多得多。甚至某些來自于病毒或者其他寄生生物的序列可能在人體中發(fā)揮有用的功能。西奈山醫(yī)學(xué)院的遺傳學(xué)家Eric Schadt （未參與該項(xiàng)目）說：“我認(rèn)為這種調(diào)節(jié)網(wǎng)絡(luò)的復(fù)雜性將持續(xù)拓展我們的思維。我想我們會(huì)發(fā)現(xiàn)，基因組中的大多數(shù)序列在調(diào)節(jié)中發(fā)揮作用。”
批評(píng)意見強(qiáng)調(diào)，Encode項(xiàng)目并不是為了研究基因組中有多少非編碼序列在人類健康中發(fā)揮了重要作用。他們認(rèn)為，Encode項(xiàng)目并沒有通過實(shí)驗(yàn)證實(shí)那些新發(fā)現(xiàn)的“功能”區(qū)域如何對(duì)人體產(chǎn)生影響，因而獲得了多么新穎而具革命性的成果的這種說法是站不住腳的。
Encode項(xiàng)目的人士將人類基因組描述為其中大部分序列可被有效利用，但批評(píng)人士認(rèn)為這不是正確的看待基因組的方式。“人類基因組是一臺(tái)的機(jī)器嗎?人類基因組是所有基因組中的嗎?或者它只是一團(tuán)糟?搞清這些問題非常重要，”幫助設(shè)計(jì)Encode項(xiàng)目的遺傳學(xué)家Sean Eddy說。“我們對(duì)基因組的認(rèn)識(shí)是，它確實(shí)是一團(tuán)糟。”
對(duì)于“一團(tuán)糟”，Eddy指的是從進(jìn)化的數(shù)學(xué)模型得出的結(jié)論：基因組中至少有85%質(zhì)90%的序列對(duì)人類健康不是必須的，即便它們具有化學(xué)活性。這么說的部分理由是，人類基因組在漫長(zhǎng)歷史中積累了無數(shù)的突變，如果基因組中大多數(shù)序列是必須的，那么人類早就因?yàn)檫@些突變對(duì)健康的影響而滅絕了。另一方面，Stamatoyannopoulos博士和Schadt也表示，那些數(shù)學(xué)模型是基于1960年代的一些簡(jiǎn)單方程而建立的，可能具有某些數(shù)值上的錯(cuò)誤。Eddy說，那是有可能的，但是科學(xué)家在貶低這些模型前應(yīng)該先找到更好的論據(jù)來駁倒它們
