盡管現(xiàn)在所有的注意力都集中到了蛋白芯片的研究上，蛋白質(zhì)組研究實(shí)驗(yàn)室的主流技術(shù)還是雙向凝膠電泳。雙向凝膠電泳在歷*由于其低通量、低重復(fù)性以及對(duì)于少量蛋白不易檢出的特性，其應(yīng)用受到限制，這些少量蛋白通常是人類(lèi)蛋白質(zhì)組中zui重要的疾病相關(guān)蛋白。然而，雙向凝膠電泳技術(shù)的優(yōu)勢(shì)又繼續(xù)推動(dòng)了日益進(jìn)展高通量模式的細(xì)化與開(kāi)發(fā)。

數(shù)碼蛋白質(zhì)組芯片是Protein Forest公司的微化芯片，用于通過(guò)電荷和分子量大小在混和物中分離蛋白。在*維分離中采用的等電點(diǎn)分離可被有效地?cái)?shù)字化，在第二維采用的標(biāo)準(zhǔn)電泳中避免了在線(xiàn)型梯度中常常會(huì)出現(xiàn)的模糊現(xiàn)象。公司執(zhí)行官Russell Garlick說(shuō)：“采用等電點(diǎn)分離，精度的提高是關(guān)鍵所在，這樣就可以提高可重復(fù)性。"

通過(guò)微芯片進(jìn)行分離只需要幾分鐘的時(shí)間，可以明顯的提高產(chǎn)量。芯片具有的靈敏度可以用來(lái)鑒定低豐度或者遷移率比較特殊的蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)可以被量化，從而在一種芯片格式中可以顯示蛋白質(zhì)組范圍的表達(dá)概況，同時(shí)還設(shè)計(jì)出第二種格式用于后續(xù)的大規(guī)模譜系分析，用來(lái)鑒定出未知蛋白質(zhì)。

數(shù)碼化蛋白質(zhì)組芯片軟件包中包括用于解碼銀染色芯片所產(chǎn)生的灰度圖像的分析軟件，來(lái)制作一個(gè)輪廓圖和3維圖像。該軟件可以讓用戶(hù)開(kāi)發(fā)出與外部數(shù)據(jù)庫(kù)兼容的內(nèi)部數(shù)據(jù)庫(kù)，促進(jìn)了蛋白鑒定與數(shù)據(jù)交換。

另外一種革新的方案就是蛋白質(zhì)組系統(tǒng)的化學(xué)噴墨打印機(jī)（ChIP）?；瘜W(xué)噴墨打印機(jī)采用的壓電打印技術(shù)噴射微量試劑到雙向凝膠的蛋白點(diǎn)上，從而通過(guò)這種電子印跡法將蛋白從凝膠轉(zhuǎn)移到聚偏二氟乙烯（PVDF）膜上。這一設(shè)備可以使研究者跨越笨拙的切除、消化、提取、提純以及目標(biāo)識(shí)別等步驟。經(jīng)處理以后，印跡膜可以直接在質(zhì)譜儀上進(jìn)行肽分析。該系統(tǒng)可以很容易地把2毫米的蛋白點(diǎn)分成4×4的試劑格，從而可以用不同的酶對(duì)一個(gè)單獨(dú)樣本進(jìn)行同步分析。

蛋白分離并不于固相工具。Beckman Coulter提供了一個(gè)叫做ProteomeLab的流體系統(tǒng)，用于2-D蛋白分離以及液相色譜分析。色譜聚焦法的下一步是進(jìn)行無(wú)孔反相層析來(lái)對(duì)復(fù)雜混合物中的蛋白進(jìn)行高分辨率分離。液體成份可被貯存或者進(jìn)行電噴離子化分析——即質(zhì)譜（MS）或用于基質(zhì)輔助激光解吸附電離（MALDI）的平板點(diǎn)樣檢測(cè)。

相類(lèi)似的是，Eksigent Technologies公司的NanoLC-2D蛋白質(zhì)組系統(tǒng)將自動(dòng)化的2-D高性能液相色譜分析與的納米級(jí)梯度以及簡(jiǎn)單操縱相結(jié)合，從而促進(jìn)了多維肽分析。NanoLC-2D系統(tǒng)采用Eksigent的直泵式納米微流技術(shù)，使得LC/MS蛋白質(zhì)組研究的檢測(cè)靈敏度以及重復(fù)性得以提高。通過(guò)自動(dòng)化運(yùn)行2-D肽分離，如用于分析膜肽的MudPIT方法，它還增長(zhǎng)了便利性。