mRNA差異顯示技術(shù)是由美國波斯頓Dena-Farber癌癥研究所的Liang Peng博士和Arthur Pardee博士在1992年創(chuàng)立的[3]。它也稱為差示反轉(zhuǎn)錄PCR（differential display of reverse transcriptional PCR）簡(jiǎn)稱DDRT-PCR。mRNA差異顯示技術(shù)是將mRNA反轉(zhuǎn)錄技術(shù)與PCR技術(shù)二者相互結(jié)合發(fā)展起來的一種RNA指紋圖譜技術(shù)，具有簡(jiǎn)便、靈敏、RNA用量少、效率高、可同時(shí)檢測(cè)兩種或兩種以上經(jīng)不同處理或處于不同發(fā)育階段的樣品[4]，該方法自問世以來已被廣泛用于差異表達(dá)基因的克隆鑒定研究中。其基本原理是，幾乎所有的真核基因mRNA分子的3’-末端，都帶有一個(gè)多聚的腺苷酸結(jié)構(gòu)，即通常所說的poly(A)尾巴。因此，在RNA聚合酶的作用下，可按mRNA為模板，以oligo(dT)為引物合成出cDNA拷貝。根據(jù)mRNA分子3’-末端序列末端結(jié)構(gòu)的分析可以看到，在這段poly(A)序列起點(diǎn)堿基之前的一個(gè)堿基，除了為A的情況之外，只能有C、G、T三種可能。根據(jù)這種序列結(jié)構(gòu)特征，P. Peng等人設(shè)計(jì)合成三中不同的下游引物，它由11個(gè)或12個(gè)連續(xù)的脫氧核苷酸加上一個(gè)3’-末端錨定脫氧核苷酸組成，用5’-T11G、5’-T11C、5’-T11A表示，這樣每一種此類人工合成的寡核苷酸引物都將能夠把總mRNA群體的1/3分子反轉(zhuǎn)錄成mRNA-cDNA雜交分子。于是，采用這三種引物，可以將整個(gè)mRNA群體在cDNA水平上分成三個(gè)亞群體。然后用一個(gè)上游的隨機(jī)引物和與反轉(zhuǎn)錄時(shí)相同的oligo(dT)引物對(duì)這個(gè)cDNA亞群體進(jìn)行pcr擴(kuò)增，因?yàn)檫@個(gè)上游的引物將隨機(jī)結(jié)合在cDNA上 ,因此來自不同mRNA的擴(kuò)增產(chǎn)物的大小是不同的，可以在測(cè)序膠上明顯分辨開來，從而篩選出不同樣品間基因差異表達(dá)的DNA片段（如圖1）。 
隨著mRNA差異顯示技術(shù)的廣泛應(yīng)用，也逐漸顯露出一些不足之處，如所得特異性cDNA片段克隆的假陽性的比例較高，差異條帶分離困難，獲得的差異擴(kuò)增片段一般在100bp~600bp太短之間，包含大量的非編碼序列，不利于同源性比較分析等。 
以下是以紅豆杉為例進(jìn)行mRNA差異顯示研究的具體操作。