循環(huán)次數(shù) ：一般為25 a～ 30次。循環(huán)數(shù)決定PCR擴增的產(chǎn)量。模板初始濃度低，可增加循環(huán)數(shù)以便達到有效的 擴增量。但循環(huán)數(shù)并不是可以無限增加的。一般循環(huán)數(shù)為30個左右，循環(huán)數(shù)超過30個以后，DNA聚合酶活性逐漸達到飽和，產(chǎn)物的量不再隨循環(huán)數(shù)的增加而增加，出現(xiàn)了所謂的“平臺期"。
循環(huán)參數(shù)如下:
1.預變性
模板DNA*變性與PCR酶的*激活對PCR能否成功至關(guān)重要，建議加熱時間參考試劑說明書，一般未修飾的Taq酶激活時間為兩分鐘。
2.變性步驟
循環(huán)中一般95℃，30秒足以使各種靶DNA序列*變性，可能的情況下可縮短該步驟時間。變性時間過長損害酶活性，過短靶序列變性不*，易造成擴增失敗。
3.引物退火
退火溫度需要從多方面去決定，一般根據(jù)引物的Tm值為參考，根據(jù)擴增的長度適當下調(diào)作為退火溫度。然后在此次實驗基礎(chǔ)上做出預估。退火溫度對PCR的特異性有較大影響。
4.引物延伸
引物延伸一般在72℃進行(Taq酶最適溫度)。但在擴增長度較短且退火溫度較高時，本步驟可省略延伸時間隨擴增片段長短而定，一般推薦在1000bp以上，含Pfu及其衍生物的衍生設(shè)定為1min/kbp。
5.循環(huán)數(shù)
大多數(shù)PCR含25-35循環(huán)，過多易產(chǎn)生非特異擴增。
6.最后延伸
在最后一個循環(huán)后，反應(yīng)在72℃維持10-30分鐘.使引物延伸*，并使單鏈產(chǎn)物退火成雙鏈。
