子科生物報道：DNA甲基化是一種保守的表觀遺傳修飾，對基因表達(dá)和基因組穩(wěn)定性至關(guān)重要。RNA介導(dǎo)的DNA甲基化（植物RdDM途徑）是植物小RNA參與表觀調(diào)控的重要方式，其需要兩個植物*的RNA聚合酶Pol IV（大亞基NRPD1為催化核心）和Pol V（大亞基NRPE1為催化核心）以及大量的輔助蛋白。RdDM可以在轉(zhuǎn)錄水平抑制轉(zhuǎn)座子和基因，并參與到植物生物和非生物脅迫、植株再生、植物生長和果實成熟發(fā)育等生物學(xué)調(diào)控過程。

　　在本研究中，科研人員通過全基因組甲基化測序以及差異甲基化區(qū)域(DMRs) 分析發(fā)現(xiàn)，開花調(diào)控基因FVE能夠影響部分RdDM通路調(diào)控位點的DNA甲基化水平。siRNA測序以及差異表達(dá)區(qū)域的分析說明FVE參與RdDM通路siRNA的調(diào)控，尤其是下游siRNA的累積。qRT-PCR實驗分析說明FVE影響 PolV轉(zhuǎn)錄本的轉(zhuǎn)錄水平。此外FVE調(diào)節(jié)DNA甲基化水平的變化伴隨著相同趨勢的siRNA水平的變化。染色體免疫沉淀測序試驗（ChIP-seq）進(jìn)一步說明FVE傾向于結(jié)合RdDM通路下游調(diào)控位點，進(jìn)而調(diào)節(jié)DNA甲基化。

　　另外，雖然RdDM途徑跟組蛋白修飾之間的相互關(guān)系已經(jīng)有了深入的研究，但是現(xiàn)有的分子機制并不能*闡述組蛋白修飾跟RdDM作用位點的調(diào)控關(guān)系。中國科學(xué)院分子植物科學(xué)卓yue創(chuàng)新中心郎曌博研究組和南方科技大學(xué)杜嘉木研究組合作通過正向遺傳學(xué)篩選到了參與基因沉默的突變體，通過克隆發(fā)現(xiàn)是具有Tudor domain的基因RDM15功能缺失造成的。通過甲基化測序和DMR的分析發(fā)現(xiàn)，RDM15影響的甲基化位點是RdDM作用位點。該工作發(fā)現(xiàn)了一個新的H3K4me1識別蛋白RDM15，其通過招募Pol V來參與RNA介導(dǎo)的DNA甲基化過程的新機制。

　　通過FVE的免疫沉淀和質(zhì)譜聯(lián)用（IP-MS）IP-MS實驗分析發(fā)現(xiàn)FVE與RDM15蛋白能夠相互作用，通過酵母雙雜交實驗（Y2H）和Split-LUC實驗進(jìn)一步確認(rèn)了二者的互作關(guān)系。利用RDM15的全基因甲基化數(shù)據(jù)以及DMR分析，證明FVE和RDM15共同調(diào)節(jié)部分RdDM位點的DNA甲基化水平。FVE與RDM15的研究分析進(jìn)一步確認(rèn)FVE參與RdDM通路下游功能調(diào)節(jié)的分子機制。

FVE與RDM15相互作用作用，調(diào)節(jié)RdDM通路相關(guān)位點的DNA甲基化和siRNA累積。

圖片說明，F(xiàn)VE的DMR（A），siRNA差異表達(dá)區(qū)域(B)以及染色質(zhì)上結(jié)合位點（C）的分析實驗，證實FVE參與RdDM通路下游調(diào)控位點的DNA甲基化和24-nt siRNA累積水平。Split-LUC等實驗分析結(jié)果(D)驗證FVE與RDM15相互作用，F(xiàn)VE與RDM15的DMR區(qū)域有很高的重疊（E），IGV示例（F）說明二者共同調(diào)節(jié)RdDM相關(guān)位點的DNA甲基化。