深圳子科生物報(bào)道:哈爾濱醫(yī)科大學(xué)大慶校區(qū)醫(yī)學(xué)信息學(xué)系李春權(quán)教授的生物信息課題組在轉(zhuǎn)錄因子領(lǐng)域取得重大成果,研究論文《KnockTF:a comprehensive human gene expression profile database with knockdown/knockout of transcription factors》于2019年10月被Nar雜志(Nucleic Acids Research,SCI影響因子11.147)接收并已發(fā)表,張建老師作為共同通訊作者,馮陳晨老師為第yi作者。
KnockTF數(shù)據(jù)庫是一個全面的人類轉(zhuǎn)錄因子敲降/敲除的基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)庫。轉(zhuǎn)錄因子(Transcription Factor, TF)及其靶基因在人類疾病和生物學(xué)過程中起重要作用,轉(zhuǎn)錄因子敲降/敲除前后的基因表達(dá)譜分析是獲得轉(zhuǎn)錄因子靶基因、探索轉(zhuǎn)錄因子功能的zui重要策略之一。
KnockTF提供了大量與轉(zhuǎn)錄因子敲降/敲除相關(guān)的人類基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)集、轉(zhuǎn)錄因子及其靶基因的注釋信息、轉(zhuǎn)錄因子的上游通路信息和下游靶基因的功能注釋信息,以及轉(zhuǎn)錄因子綁定到靶基因啟動子、增強(qiáng)子和超級增強(qiáng)子的詳細(xì)綁定信息。
KnockTF數(shù)據(jù)庫構(gòu)建了一個轉(zhuǎn)錄因子——差異表達(dá)基因網(wǎng)絡(luò),方便用戶進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)分析可視化,幫助闡明了轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)的功能和潛在的生物學(xué)效應(yīng)。上線一個月內(nèi),數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站點(diǎn)擊率已達(dá)到1300余次,在轉(zhuǎn)錄因子的研究領(lǐng)域正在發(fā)揮著良好的作用,為生命科學(xué)領(lǐng)域提供了強(qiáng)大的轉(zhuǎn)錄因子及增強(qiáng)子生物信息資源和分析策略。
該研究得到了國家自然科學(xué)基金、黑龍江省自然科學(xué)基金、博士后基金、校內(nèi)伍連德基金以及校內(nèi)科研創(chuàng)新基金等項(xiàng)目的資助。
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KnockTF:a comprehensive human gene expression profile database with knockdown/knockout of transcription factors