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公司動態(tài)

揭示Rph1酶底物特異性識別和催化機制

閱讀:215發(fā)布時間:2010-11-17

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人和酵母等真核生物中存在一類含有JmjC結構域的蛋白家族,研究表明它們中的許多成員具有組蛋白去甲基化酶活性,并且都利用Fe2+和α-酮戊二酸為輔因子。人源JMJD2A可以特異性的去甲基化H3K36me3/2H3K9me3/2。Rph1是人源JMJD2A在釀酒酵母中的同源物,可以特異性的去甲基化H3K36me3/2,這種活性在某些轉錄激活基因的轉錄延伸過程中發(fā)揮重要的促進作用。

 

丁建平組的博士生常媛媛等人解析了Rph1催化核心區(qū)域的結構,以及與Ni2+和α-酮戊二酸的復合物的結構。其中,Ni2+用來模擬Fe2+的結合形式。Rph1的催化核心區(qū)域具有與全長蛋白一樣的組蛋白去甲基化酶活性和底物特異性。這些結構揭示Rph1催化核心區(qū)由JmjN結構域、長的b-發(fā)卡結構、由a-螺旋和環(huán)狀區(qū)域形成的混合結構域、和JmjC結構域構成。在催化核心中心,Ni2+通過與三個保守的氨基酸(His235,Glu237His323)和a-酮戊二酸形成配位鍵來穩(wěn)定其結合,同時a-酮戊二酸還以與三個保守氨基酸(Tyr183,Asn245Lys253)的側鏈形成氫鍵作用。根據Rph1核心區(qū)的結構與JMJD2A核心區(qū)結合H3K36me3肽段復合物的結構比對,我們推測Rph1的底物結合位點位于核心區(qū)域的表面,主要由長的b-發(fā)卡結構、a-螺旋和環(huán)狀區(qū)域形成的混合結構域、以及保守的JmjC結構域構成;甲基化的H3K36可以伸入到JmjC結構域形成的口袋中,通過與幾個保守氨基酸的氫鍵作用來穩(wěn)定其結合?;谶@些分析和比較,結合點突變、體外組蛋白去甲基化酶活檢測和酵母表型篩選實驗,我們發(fā)現突變與Ni2+、a-酮戊二酸和肽段結合位點的氨基酸后,Rph1喪失酶活性,同時也喪失在酵母體內促進轉錄延伸的功能、從而導致酵母生長缺陷。以上的研究結果揭示了釀酒酵母中組蛋白去甲基化酶Rph1底物特異性識別和催化機制。

 

該項工作得到國家*、國家自然科學基金委、*和上海市科委的經費支持。

 

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